Джеймс, под видом солдата «Чёрного Дозора», попадает в «Красную зону» и находит Дану Мерсер. От неё он узнаёт, что «Чёрный Дозор» намеревается ликвидировать все запасы инфицированного Алексом «Белого Света». Решив помочь «Дозору», Джеймс не позволяет армии заражённых остановить ликвидацию. После этого ему звонит Сабрина Галловей, и говорит, что у неё есть важная информация о некоей крупной операции «Дозора». Чтобы узнать подробности, Джеймсу приходится поглотить некоего командира Кэнтрелла. Попутно он успешно убивает ещё одну Развитую из армии Мерсера, получив новое оружие дальнего боя — Хлыст. Из воспоминаний Кэнтрелла, а также опираясь на данные Галловэй, Джеймс узнаёт, что операция называется «Феникс», и её главная цель — массированная бомбардировка «Красной Зоны» термобарическими ракетами, установленными на вертолетах, вследствие чего все зараженные будут уничтожены, однако вместе с ними погибнет 1.5 млн здоровых людей. Поглотив ещё одного командира, Эллиса, Джеймс отправляется в городские доки, с целью ликвидировать все вооружённые вертолёты, вместе со складом термобарических боеприпасов. Позже Джеймс бросается на поиски дочери, но все усилия оказались безрезультатными. Неожиданно по сети //Blacknet проходит адресованное Хеллеру Руксом сообщение, из которого становится ясно, что полковник похитил Амайю. Джеймс, не без труда, пробивается в главный офис «Гентек», где Рукс, предварительно застрелив двух собственных солдат, предлагает Хеллеру сделку как первый жест доброй воли — он освободит Амайю, но в обмен на это, Хеллер покинет город, навсегда. Но этому не суждено было сбыться — Галловей похищает девочку и уносит её к Мерсеру. В конце-концов, два монстра сходятся в схватке за Амайю. Джеймса встречают Развитые, в их числе и Сабрина. Алекс поглощает их всех, и становится супермутантом. Он преследует одну цель — создать идеальный, как он считает, мир без войн, смертей, болезней и страданий. Однако, для этого он хочет инфицировать всё человечество: дать ему «одно тело и один разум», а Амайю, дочь протагониста, — сделать «матерью» этого нового мира, каковой была Элизабет Гринн. Единственная преграда на его пути — это сержант Джеймс Хеллер. Несмотря на все полученные от «развитых» силы, Алексу не удаётся победить Джеймса. После продолжительного боя, он отрезает Мерсеру руку-клинок, но тот регенерирует её в руку-хлыст. Хеллер отрезает и её. Алекс в последней попытке использует руки-молоты, но Джеймс насилу отрывает их с корнем. От такой травмы, Мерсер не может оправиться, и Хеллер поглощает его. Последнее, что сказал Мерсер перед смертью: «Добро пожаловать на верхушку!».
