Первые гонения на армян в Турции и Персии были совершены во второй половине XVII века, и, как ни парадоксально, совершались они самими армянами. В документах той эпохи зафиксированы эпизоды нападений армян-монофизитов на армяно-католиков. Один из этих эпизодов, произошедший в Эрзруме в 1680-х годах, подробно описан в книге Ф. Экозьянца "Исраэл Ори. Ларец Пандоры". Османские власти жестоко наказывали своих чиновников, которые принимали участие во внутренних распрях христианских общин.
