Монастырь Крка был основан в 1350 году сербской принцессой Еленой Шубич Неманьич[англ.], сестрой короля Стефана Уроша IV и женой хорватского вельможи Младена III Шубича. Идея основания монастыря принадлежала исповеднику принцессы монаху Рувиму. По сведениям античного историка Луциюса, в том районе проповедовал апостол Павел. Под самим монастырём находятся катакомбы, где, по преданию, проповедовал апостол. Также неподалёку от монастыря расположены руины римского военного лагеря Бурнум. Скорее всего, об этом знали и основатели монастыря. В 1402 году монастырь был достроен и расширен. В 1530 году церковь в монастыре разрушили турки, восстановили её только в 1577 году. В 1647 году она была вновь уничтожена, а монастырь разграблен. Спустя три года началось его восстановление. В XVI веке он был под управлением архиереев Дабро-Боснийской епархии, таких как Гаврило, Арсентие и Теодор. В XVIII веке этим занимались духовные пастыри Черногории, как например Петар Цетинский или Сава Петрович. Современный облик монастырь получил в 1779 году. Тогда же был воздвигнут и новый большой алтарь. Со времени своего основания монастырь Крка был духовным центром для сербов Далмации. Также в нём молились и многие хорваты-католики. Монастырю часто присылали различные святыни и драгоценности из Иерусалима, Святой Горы Афон, Венеции, России за существования монастыря его посетили многие известные сербы, среди которых были Доситей Обрадович, Герасим Зелич, Симо Матавуль, Никола Тесла, Мирко Королия, Милош Црнянски, Владан Десница .
